埃尔托里亚星球被毁灭的星球悄悄地毁灭了。弗洛里安一家四口，一个死去的家庭，一对研究人员，梦想着“行星再生”，继续研究，还有两个女儿阿米蒂埃和基里耶。然而，他的父亲格兰特·弗洛里安病倒在了地上，毁了他重 “闇之书事件”（参照魔法少女奈叶As）10年后。19岁的高町奈叶和菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，抱着彼此的友谊，为了追求自己的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔术导师的身份活跃起来。其中，新发现的 凤翔和凛音，两个住在孤儿院的小女孩。姐妹俩一起长大，虽然生活贫困，但仍然梦想着光明的未来。但凤翔和凛的“再次离别”改变了他们的命运。 《魔法少女奈叶ViVid》以奈叶采用的女孩Viviou为主角，讲述了“JS事件”，刚进入魔法学校的她掌握了魔法的基本知识后，收到奈叶和费特赠予的特殊乐器“神圣之心”;而在另一边，自称“霸主”的神秘人物 奈叶是一个普通的小学三年级女孩，她偶然遇到了来自另一个世界的 Yuno，从而掌握了魔法的力量。在争夺另一个世界的神秘遗产的战斗中，她与带她获得魔法力量的 Yuno 成为了好朋友，并结识了在战斗中支持她 在一家角色公司工作，筱崎琢磨是他在公司工作的第一年。工作的日子仍然陌生。尽管如此，他身边还是有“巨大的治愈”。──那就是在公司工作三年级的“小而可爱”的片濑诗织。身为大三学生的诗织不知何故很关心筱崎。 
