TV2003重制版,是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本,画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集,03版共26话,一共30集。第二次 鹿目圆原本是一个日常生活很幸福的普通人,直到残酷的命运锁链被解放的那一天,她赌上了自己的身心去改变世界的规则,去拯救一群神奇的女孩。晓美焰,一个因为极度向往而奇迹般保留了记忆的少女,继续在重组的世界里 市立见泷原中学,又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆(悠木碧配音)和朋友美树沙耶加(喜多村英梨配音)、志筑仁美(新谷良子配音)尽情讨论恋爱的话题,享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰 抱持着帮助他人而化身魔法少女,与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中,善良的美树沙耶加(喜多村英梨配音)彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰(斋藤千和配音)和佐仓杏子(野中蓝配音)带回时