晴朗时节,江户川柯南(高山南配音)和毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都,他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰,体验一把出海作战的感觉,期间还结识了美丽又有着 U.C.(宇宙世纪)0079年,人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星,让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫,遂宣布独立,更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方 真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说,像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体(Festum)开始攻击龙宫岛时,他才开始注意到他现在所拥有的和 故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠配