《东京暗鸦》讲了一个和阴阳师有关的故事。故事的主角，土玉门纯狐，出生于一个著名的阴阳道家族土冢户。但他并没有继承什么“地狱”光环，他也不想当阴阳师。他是一个生活在农村的普通高中生。但这一切都在他再次遇到图玉门的下一任主人土御门夏目后改变了。因为一次偶然的事件，土玉门纯狐进入了阴阳师学校，一所培养阴阳师成才的学院。精彩的故事从这里开始。